L’explosion du nombre de techniques basées sur le séquençage massif parallèle est actuellement en train de révolutionner l’étude des systèmes biologiques en permettant à l’expérimentateur d’avoir une vision globale des processus se déroulant à l’échelle moléculaire. Parmi ces nouvelles approches, le profilage ribosomique est un outil particulièrement puissant pour l’étude de la traduction à un niveau de détail jamais égalé auparavant. Cette technique permet notamment de cartographier très précisément la position des ribosomes sur l’ensemble des ARN messagers en cours de traduction dans la cellule à un moment donné. Dans le cas d’une infection virale, il est ainsi possible d’étudier les mécanismes souvent très complexes et encore mal compris qui sont mis en place par les virus pour assurer la production des protéines nécessaires à leur multiplication. Cette synthèse a pour but de discuter la manière dont le profilage ribosomique peut nous permettre de mieux comprendre le cycle de réplication virale, mais aussi de montrer les biais liés à la technique à prendre en compte lors de l’analyse des résultats.

Next Generation Sequencing (NGS) techniques have revolutionized most biomedical research fields over the past decade by allowing a broader vision on biological processes that occur at the molecular level. Among these, ribosome profiling or footprinting is a powerful tool to study mRNA translation in a transcriptome-wide manner. Ribosome profiling has been used to study the impact of translational control of gene expression under many different cellular conditions including viral infections. Indeed, translation is a critical step during the viral replication cycle in which the infected cell is embezzled to produce viral proteins. Ribosome profiling tools can provide new insights on viral translation by monitoring ribosome binding to viral and cellular RNAs with a high definition during the time course of an infection. Here, we describe the potential uses of ribosome profiling for the understanding of viral translational control and the impact of viral infection on host gene expression. We also discuss the main limitations and biases related to the technique that need to be taken into account for its use.

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